カテゴリー
関連サイト
お問い合わせ
詳細検索
理研ジェネシス / 理研ジェネシス ID: J01374

Oncology Panel Sequencing（OncomineTM Assay） ID: J01374

印刷

がん治療薬やがんドライバー遺伝子を対象としたパネルを用いた先端の変異検出サービスです。

カテゴリ

サービスについて

概要

Thermo Fisher Scientific社が開発し、国内外の臨床研究で広く採用実績のある OncomineTM Focus AssayまたはOncomineTM Comprehensive Assayを用いて シーケンシング解析を行います。核酸抽出からデータ解析まで、バリデーション済の解析フローで実施します。基礎研究、治療薬開発および臨床試験におけるバイオマーカー測定や網羅的変異解析にご活用いただけます。

  • 解析フロー

    1. 検体送付
    2. 病理医による組織診断（オプション）
    3. 核酸抽出
    4. ライブラリ作製
    5. NGSを用いたシーケンシング
    6. データ解析

特長

  • がん研究および創薬支援向けに、次世代シーケンサーを用いた先端の変異解析サービスをご提供。
  • シングルワークフローでDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation(SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Copy Number Variation (CNV)、Gene Fusionを検出。
  • バリデーション済の解析フローに従うことで、再現性良く、高品質の解析結果をご提供。
＊ 本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。

サービス内容

  • 解析内容

    ［OncomineTM Focus Assay］
    がんの治療薬や文献上の知見に基づいて選抜された52遺伝子、1,000以上のバイオマーカーを解析できます。
    Hotspot領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。

    ［OncomineTM Comprehensive Assay v3］
    キナーゼやDNA修復に関連した遺伝子を含む161のがんのドライバー遺伝子を対象としています。
    Hotspot領域および全コーディング領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。

    対象遺伝子数
    パネル名 DNA RNA 全遺伝子数
    SNV/InDel
    (Hotspot)    		 SNV/InDel
    (Full-length)    		 CNV Fusion drivers
    OncomineTM Focus Assay 35 － 19 23 52
    OncomineTM Comprehensive Assay v3 87 48 47 51 161
  • 解析結果（fig.1）

    ・ SNV、InDel、CNV、Gene Fusionを検出します。
    ・ 検出されたSNV、Short InDelは各種アノテーション（＊1）をつけてエクセル・マクロファイル（＊2）とテキストファイルでご提出します。
    ・OncoPrintを用いて、遺伝子および検体ごとの変異検出結果のヒートマップも作成します（オプション）。

    fig.1 解析結果

    • ＊1 検出されたSNV、Short InDelには次のようなアノテーションがつきます。
    変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID、アレル頻度(gnomAD、1000 Genomes、HGVD、GEM-J WGA)、Conserved Elements、アミノ酸置換影響予測（SIFTなど）、Splice Site変異影響予測、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータなど。
    ＊2 アノテーションは理研ジェネシス社オリジナルのエクセル・マクロ（AnnotationViewer）で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

  • 解析例

    検体数 7
    試薬 OncomineTM Comprehensive Assay v3
    機種 Ion S5TM XL System
    チップの種類 Ion 540TM Chip
    平均リード数/検体（＊） DNA：約6Mリード
    RNA：約1Mリード
    バイオインフォマティクス解析 SNV、InDel、CNV、Gene Fusionの検出
    検出変異へのアノテーションの付与
    納期 品質評価通過後、約1.5ヶ月

    ＊ 得られるリード数は検体品質等の影響により、上記値を下回る場合がございます。

納品物

  • 解析報告書
  • データHDD：リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、SNV/InDel /Fusion/CNV検出データ（VCF、テキストファイル）、SNV/InDel のアノテーションデータ（エクセルファイル）

サンプル条件

サンプルの種類 サンプル量
FFPE 未染スライド5μm厚×10枚以上、
HE染色スライド1枚（連続切片の中央部）
もしくはHE染色用未染スライド

＊ 組織切片はコーティングなしスライドガラスに貼付してください。
＊ 切片作成後、すみやかに冷蔵保存していただき、1週間以内に冷蔵便にてご送付ください。
　 保存条件の適さない検体の場合、ライブラリ作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
＊ 組織切片における腫瘍細胞占有率が20％未満の場合は、マクロダイセクションにより腫瘍細胞の比率を高めることを推奨しております。

関連サービス

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
OncomineTM Target Sequencing お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

/

お問い合わせリストへ

※お問い合わせは完了しておりません。