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アメリエフ / アメリエフ ID: J01956

WESがん変異解析 ID: J01956

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がんと正常サンプルのシーケンスデータを比較することで体細胞変異を検出し、バイオマーカーの候補を検討することができます。

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サービスについて

サービスの内容

【Whole Exome シーケンス】
  • ライブラリ調製
  • 腫瘍組織　12Gb/サンプル（NovaSeq6000 PE150）
  • 正常組織　 6Gb/サンプル（NovaSeq6000 PE150）

【バイオインフォマティクス解析】（fig.1)
  • 解析レポート、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 体細胞変異検出：クオリティコントロール、マッピング、体細胞変異（SNV/InDel）検出、遺伝子情報アノテーション
  • データベースアノテーション及び計算予測：dbSNP、gnomAD、ClinVar、PROVEAN、SIFT、phastCons
  • 高次解析（3症例、6サンプル以上の場合）：Oncoplot作成、Tumor Mutation Burden 算出、Driver gene解析
    　＊ サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なりますのでご相談ください

fig.1 バイオインフォマティクス解析


ご利用の流れ（fig.2）


fig.2 ご利用の流れ
  1. 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
  2. ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
  3. 報告会にて、高次解析結果の報告および解釈について、ご報告します。


サンプル要件/注意事項

サンプルタイプ：genomic DNA
推奨DNA量（ng） 液量（µL） 濃度（ng/µL） 純度
300以上 20以上 20以上 OD260/280 ≥ 1.8
OD260/230 ≥ 1.8
no degradation, no contamination

＊ 過度のRNAの混入がないこと。タンパク質・フェノール等の夾雑物の混入がないこと。
＊ 再懸濁溶液: 純水 ( DNase/RNase-free ), EB, or low TE ( < 0.1 mM EDTA )
＊ シーケンシングは海外（シンガポール）にて実施します。オプションとして国内でのシーケンシングも対応可能です。
＊ 海外輸送費・ 納品にかかる費用 (HDD) を別途頂戴します。
＊ 対象生物種はヒトのみとなります。

ご注文に関して

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参考価格・納期

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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