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Novogene / フィルジェン ID: J00597

ショットガンメタゲノムシークエンス 受託解析サービス ID: J00597

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環境中の微生物のゲノムDNAをすべて抽出・収集し、これらの全ゲノムを網羅的にシークエンス

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サービスについて

概要

メタゲノム解析は、環境中の微生物のゲノムDNAをすべて抽出・収集し、これらの全ゲノムを網羅的にシークエンスします。
得られた配列データをリファレンス配列と相同性検索をすることで、菌種の帰属や菌種組成、挿入、欠失などの情報が得られます。また、機能遺伝子のデータベースに対して、相同性検索を行うことで、その細菌嚢がどの様な機能遺伝子をもっているかの情報も得ることができます。

サービス内容

ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。
さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
  • シークエンスプラットフォーム
    　illumina NovaSeq6000, PE150

  • シークエンス量
    6Gb, 12Gb raw data/sample
    ＊QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
    ＊保証量は、お申込み頂いたシークエンス量の98％となります。

  • 作業内容
    　1. サンプルQCチェック
    　2. ライブラリー作製
    　3. シークエンス作業
    　4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション）

  • 受託解析サービスのワークフロー（fig.1）

fig.1 受託解析サービスのワークフロー

必要サンプル量

サンプルタイプ Amount（Qubit） 液量 濃度 純度
（NanoDropTM /Agarose Gel）
ゲノムDNA ≧400ng ≧20μL ≧20ng/μL O.D.260/280＝1.8-2.0
No degradation, no contamination
  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    ＊ 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  3. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。）
  4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
    ＊ 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA、dsDNA、ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    ＊ UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

納品物

・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート ＊USB等の記録メディアにて納品いたします。
＊プロジェクトによっては、納品物が変更される場合があります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期 カタログ番号
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
（6Gb raw data/sample)		 お問い合わせ 約1.5か月 F-Novo-MG6-（サンプル数）
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
（12Gb raw data/sample) 		お問い合わせ 約1.5か月 F-Novo-MG12-（サンプル数）
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
（6Gb raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付		 お問い合わせ 約2～2.5ヶ月 F-Novo-MG6D-（サンプル数）
ショットガンメタゲノムシークエンス受託解析サービス
（12Gb raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付		 お問い合わせ 約2～2.5ヶ月 F-Novo-MG12D-（サンプル数）

＊海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。
＊納期は、QCチェック合格後となります。
＊年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数をいただく場合がございますこと、予めご了承ください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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