特長
- GBSやRAD-seqに比べて解析領域の偏りが少なく、ゲノム上一様なジェノタイピングが可能。
- アンプリコン増幅の再現性が非常に高く、ジェノタイプデータの欠陥が少ない。
- ゲノム情報が利用可能な生物種では、アンプリコンマーカーのマッピングとSNP抽出も可能。
- リファレンス配列が無い生物種においてもジェノタイピングが可能。
- 分離集団また自然集団においてもジェノタイピングが可能。
【こんなお悩みにぴったり！】
- 大規模にマーカー探索を行いたいけど、サンプル数も多く全てゲノム解析するほど予算が十分でない
- これまでもGBSやRAD-Seqを試してみたが、期待するほどマーカー数が得られなかった
- 将来的にはターゲットを絞ってアンプリコンシーケンスを行いたいので、まずは候補マーカーを数多く得ておきたい
GRAS-Di® 技術はトヨタ自動車株式会社にて開発されました。
GRAS-Di® はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。
GRAS-Di（グラス ディーアイ） Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct
サービス内容
豊富な解析実績、国内外から120生物種以上、70,000サンプル以上（2022年9月時点）
① サンプルライブラリ調製
2回のPCR反応によりゲノムを一様にカバーしたアンプリコンを増幅
② シーケンス
次世代シーケンスにて
③ 独自に開発されたソフトで解析
アンプリコンマーカー検出と検出したマーカーを用いたジェノタイピング
【内容】ライブラリ調製からシーケンスデータ解析まで
GRAS-Di® ライブラリ調製
NovaSeq6000によるシーケンス
期待リード数：平均 5 Mread / sample
GRAS-Di® 解析ソフトによるシーケンスデータの解析
（アンプリコンの有無をベースにしたジェノタイピング結果、アンプリコンマーカーのマッピング結果）
【オプション】
ゲノム情報が利用可能な生物種では、バイオインフォマティクスのご相談を承ります。（SNP抽出）
＊ 解析可能な生物種についてはお問い合わせください。
納品物
シーケンシング配列データ（fastq形式）
GRAS-Di® 解析ソフトによる解析結果（Excelで閲覧可能な形式）
＊
GRAS-Di紹介動画も併せてご参照ください
共優性マーカーの詳細情報（＊）
アンプリコンのマッピング位置情報（＊）
＊ 解析のご対応可能な場合に納品させて頂きます。
サンプルのご準備方法
- TEへ溶出したgDNA（>30ng/ul, >20ul）をご準備いただきお送りください。
- 濃度はUVを用いた吸光光度法により測定・ご確認ください。（蛍光測定法による定量はご遠慮ください）
- 冷蔵便もしくは冷凍便にてサンプルDNAはご送付ください。
＊ サンプルが規定量に達しない場合はご相談ください。
＊ 電気泳動法などを利用し、RNAのコンタミネーションがないこと、gDNAが分解していないことをご確認ください。（
fig.1）
サンプル発送時の注意事項
指定のチューブあるいはプレートでお送り下さい。ご用意が難しい場合は発送前にご連絡下さい。
サンプル数が48以上の場合は、取り扱い時のミスを避ける為にもプレート仕様でお送りください。
プレートの場合、8連キャップにて密閉し、液漏れがないことを確認の上、ご発送ください。
追加作業の必要性が生じた場合は、納期の変更、あるいは追加料金が発生することもあること、予めご了承下さい。
| サービス項目 |
価格（税込） |
納期 |
| 48サンプル、250Mreads/total、データ解析あり |
￥330,000（1サンプル 約￥6,800/税抜） |
サンプルQC合格後7〜10週間 |
| 96サンプル、500Mreads/total、データ解析あり |
￥490,000（1サンプル 約￥5,100/税抜） |
サンプルQC合格後7〜10週間 |
| 96サンプル、500Mreads/total、データ解析なし |
￥440,000（1サンプル 約￥4,600/税抜） |
サンプルQC合格後6〜9週間 |
| 1,000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析ありの場合 |
お問い合わせ |
サンプルQC合格後9～12週間 |
| 1,000サンプル、NovaSeq6000 1レーン、データ解析なしの場合 |
お問い合わせ |
サンプルQC合格後9～12週間 |
＊上記はいずれも96ウェルプレートでサンプルをご提出頂く場合の価格・納期です。
シングルチューブでサンプルをご提出頂く場合の価格・納期はご相談ください。
（参考）シングルチューブご利用の場合：追加料金＋￥500（税抜）/サンプル、追加納期：+2週間
| サービス項目 |
価格（税抜） |
納期 |
トヨタ自動車社開発 GRAS-Di解析ソフトウェア
1ライセンス |
お問い合わせ |
お問い合わせ |
＊インストーラー（DVD）、ユーザーズマニュアル（印刷物）を納品いたします。
