概要
次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。
特長
- 次世代シーケンスにより、サンプル中に存在する膨大な微生物のすべて、もしくは16S rRNAにフォーカスして解析
- 新規微生物ゲノムの構築（de novoアセンブリ）が可能
- 系統分類のほか、機能解析や遺伝子予測も実施
- α多様性解析（同一環境における種多様性）解析およびβ多様性解析（環境間の種多様性の違い）の両方を実施
（16S rRNAシーケンスのみ）
全メタゲノム解析
糞便等のヒト生体試料や環境試料（土壌、海水）より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、ゲノム全体をカバーする試薬（TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit（Illumina））によりライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードを新規の参照ゲノム配列として再構築し、微生物の系統分類（NCBIデータベース参照）、遺伝子組成の予測や機能解析を行います。各工程において、サンプルの品質評価（QC）を行います。（
fig.1）
| 対象 |
サンプル |
使用試薬 |
シーケンサー |
データ量 |
データ解析 |
ヒト生体試料、土壌、海水、
川水、湖水、池水等 |
DNA |
TruSeq Nano DNA
Sample Prep Kit |
NovaSeq 6000
（150PE） |
4Gb |
通常データ解析 |
データ解析（
fig.2）
データQCにより低品質のリードを除去後、ゲノム配列を再構築（de novoアセンブリ）し、微生物種の推定・分類、および機能解析・遺伝子予測等のデータ解析を行います。
解析データ例：（
fig.3）（
fig.4）
16S rRNAシーケンス
糞便等のヒト生体試料や環境試料（土壌、海水）より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、微生物16S rRNA遺伝子のV3-V4領域を増幅してライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードをデータベースへマッピングすることにより系統分類を行い、サンプル中に存在する微生物の組成を明らかにします。（
fig.5）
| 対象 |
サンプル |
使用試薬 |
シーケンサー |
データ量 |
データ解析 |
| ヒト生体試料、等 |
DNA |
16S amplicon
PCR primers |
MiSeq
（300PE） |
100,000リード/サンプル |
通常データ解析 |
データ解析（
fig.6）
データQCにより低品質なリードを除去後、OTU（operational taxonomic unit）解析やα多様性解析（シャノン指数）により微生物種の分類や組成解析を行います。また、データベースをもとに生物種を推定し、β多様性解析や系統分類（RDP・NCBIデータベース参照）を行います。
解析データ例：（
fig.7）（
fig.8）（
fig.9）（
fig.10）
全メタゲノム解析と16S rRNAシーケンスの比較
|
全メタゲノム解析 |
16S rRNAシーケンス |
| 解析対象 |
新規の生物種も含むすべて |
既知種のみ |
| コスト |
やや高コスト |
低コスト |
| 生物種の推定・系統分類 |
〇 |
〇 |
| 機能解析 |
〇 |
× |
