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トミーデジタルバイオロジー / トミーデジタルバイオロジー ID: J01878

ゲノムアセンブリ受託サービス ID: J01878

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近接ライゲーションを用いた染色体レベルのゲノムアセンブリ受託サービス

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サービスについて

概要

サンプルを送付するだけで、近接ライゲーションとゲノムアセンブリのプロフェッショナルであるDovetail Genomics® が最新の設備で、染色体レベルのゲノムアセンブリを作成します。陸上 / 海洋動物、昆虫、植物など、これまでに1,800件を超えるゲノムアセンブリの実施経験があります。

  • サンプルを送付するだけの一括サービス
    DNA抽出から近接ライゲーションライブラリ作成、シークエンス、データ解析までを一括して行うことができます。
  • あらゆる種類の生物で高い実績
    陸上 / 海洋動物、昆虫、植物など、これまでに1,800件を超えるゲノムアセンブリの実施経験があります。
  • フレキシブルな解析オプション
    PacBio HiFiシークエンス、ドラフトアセンブリ作成、TAD解析、多倍体ゲノムアセンブリなど。
  • 最高品質のデータ納品まで4～5ヶ月
    高分子DNA抽出の開始からゲノムアセンブリデータの納品まで。（別途サンプル輸送期間が必要です）

サンプル送付からデータ納品までの標準的パイプライン

ドラフトアセンブリ（N50 > 100 kbp）をお持ちの場合は、PacBio HiFiシークエンスによるドラフトアセンブリ作成を除くこともできます。（fig.1）

fig.1 サンプル送付からデータ納品までの標準的パイプライン

近接ライゲーションライブラリ作成ワークフロー

Omni-C®では、エンドヌクレアーゼによる断片化により、制限酵素サイトに依存せず、ゲノム全体にわたって均一なカバレッジが得られます。（fig.2）

fig.2 近接ライゲーションライブラリ作成ワークフロー

お持ちのデータ・目的のデータに応じて、必要な解析の組み合わせが可能

サービス名 内容
DENOVO ASSEMBLY ・PacBio HiFiロングリード × Hifiasmアセンブリ
GENOME SCAFFOLDING ・近接ライゲーションライブラリ作成＋イルミナシークエンス
・HiRise® 解析　(スキャフォルディング+TAD解析)
GENOME ANNOTATION ・ゲノムアノテーション
（パイプラインによるアノテート＋5/55遺伝子マニュアルキュレート）
POLYPLOID GENOME ASSEMBLY ・PacBio HiFi ロングリード × Omni-Cテクノロジーによる多倍体ゲノムアセンブリ

解析例

PacBioのリードを用いて作成したドラフトアセンブリ（Input Assembly）と、Dovetail® Omni-C®近接ライゲーションライブラリを使用して、HiRise®によるゲノムアセンブリDovetail® HiRise® Assembly）を行った結果を示しています。（fig.3）
左のコンタクトマトリクスは、作成したゲノムアセンブリが7本の染色体レベルまで到達していることを明確に示しています。

fig.3 イネ科植物ウマノチャヒキ（Bromus tectorum）のデノボアセンブリ例

対応サンプル

動物組織 / 細胞、昆虫、海洋生物、植物組織　200mg～数g程度（新鮮凍結サンプル）
サンプルのご準備・輸送方法についての詳細は、サンプル準備ガイドをご用意しておりますので、お問い合わせください。

納品データ

ゲノムアセンブリデータ（FASTA, BAMフォーマット）、解析レポート
＊ DNA抽出から近接ライゲーションライブラリ作成、シークエンス、ゲノムアセンブリまでの場合。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス名 カタログ番号 受託解析内容 価格（税抜） 納期
Dovetail® De Novo Genome Assembly Project #20012 高分子DNA抽出、
PacBioシークエンス、ドラフトアセンブリ作成、
近接ライゲーションライブラリ作成、
イルミナシークエンス、HiRise®解析		 お問い合わせ 4～5ヶ月
Dovetail® Scaffolding Project #20011 近接ライゲーションライブラリ作成、
イルミナシークエンス、HiRise®解析		 お問い合わせ 約3ヶ月
Dovetail Genome® Annotation Project #8010
#8011		 Dovetail Genome® Annotation Pipelineによる
ゲノムアノテーション
＋ 5遺伝子マニュアルキュレーション（#8010）
＋ 55遺伝子マニュアルキュレーション（#8011）		 お問い合わせ 1～2ヶ月

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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