サービス仕様
全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）と酵素メチル化シーケンス（EM-seq）は、ゲノム全体のほぼすべてのCpG 部位のメチル化パターンを評価し、包括的な DNA メチル化プロファイリングを得るために選択される方法です。
同じ場所の変換されていないシトシンと変換されたシトシンの割合を比較することで、メチル化レベルを正確に決定することができます。
ゲノムワイドメチル化シーケンス（WGBS および EM-seq）は、遺伝子制御に関する深い洞察をもたらし、新規エピジェネティックマーカーや疾患の標的を特定することができます。
全ゲノム上の DNA メチル化部位の状態を一塩基単位の解像度で網羅的に解析する手法である WGBS 受託解析サービス＋酵素的メチル変換法を用いた EM-seq の受託を提供しています。
独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得・解析を加え、結果をお手元にお届けします。
メチル化情報をクロマチン状態の情報と併せて評価することが可能な ChIP-Bis-Sequencingなどの手法についても、ダイアジェノード社のワークフローでライブラリー調製が可能であることが確認されています。
お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。
特長
| WGBS |
EM-seq |
- バイサルファイト法を用いた塩基変換
- メチル化密度の低い部位やリピート部位で高い5-mC カバレッジを示す
- WGBS は EM-seq と比べ FFPE 由来サンプルで良い結果が得ることが可能
- バイサルファイト処理、ライブラリー調製、シーケンシング、解析を包括的にサポート
- 1塩基の解像度でゲノムワイドのDNAメチル化解析を実現
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- 酵素を用いた塩基変換
- 元のフラグメント長を保ったまま解析（低フラグメンテーション・低分解）
- EM-seqはPCR増幅ステップのサイクル数を低減できるため、WGBSと比べて重複率を低く抑えることが可能
- 酵素的塩基変換、ライブラリー調製、シーケンシング、解析を包括的にサポート
- 1塩基の解像度でゲノムワイドの DNA メチル化解析を実現
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専任のサイエンティストがお客様のプロジェクトについてサポートします。
NGS 解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seq を含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
DNA メチル化 WGBS 解析の流れ
Step 1：ゲノム DNA の品質チェック
・DNA の濃度測定
・DNA の品質評価
Step 2： ライブラリー調製
WGBS Steps：
・Picoruptor を用いた gDNA のせん断・断片化 （cfDNA、 FFPE の場合不要）
・バイサルファイト処理
・ライブラリー調製
・WGBSライブラリーのQCチェック（DNA濃度、鎖長プロファイルの確認）
EM-seq Steps：
・Picoruptor を用いたgDNAのせん断・断片化 （cfDNA、FFPEの場合不要）
・酵素的塩基変換とライブラリー調製
・EM-seqライブラリーのQCチェック（DNA 濃度、鎖長プロファイルの確認）
Step 3：シーケンシング （Illumina 社プラットフォーム使用）
・ペアエンド 150 bp 1 サンプル当たり平均 400 Mi raw reads 取得 理論カバレッジ >30 x～100 Gb
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
- スタンダード解析
・レファレンスゲノムへのアラインメント
・メチレーションコール
・ アノテーション
- アドバンス解析
・示差解析
・可変メチル化シトシン / 領域のアノテーション
・主成分分析
・GO解析
・パスウェイ解析
- 解析のカスタマイズ
上記にない解析法をご希望の場合はお気軽にご相談ください。
